מפקד 1961 הוגדר מראשית תכנונו כמפקד "מדעי" (דהיינו, שמטרתו המוצהרת הייתה עריכת מפקד סטטיסטי ומודרני), ולכן היה זה המפקד הסטטיסטי הראשון שנערך בישראל. באותה תקופה, הוא היה בין המפקדים המתקדמים שנערכו בעולם המפותח, הן בשיטותיו והן בממצאיו. הוא גם המפקד הראשון שבו נעשה שימוש נרחב בנתוני מרשם התושבים לשיפור סקירת האוכלוסייה. שימוש זה חזר ואף הורחב בכל המפקדים מאז. מפקד 1961 נערך בשני שלבים, בשלב הראשון נשאלה כל האוכלוסייה שאלות בנושאים דמוגרפיים, ולאחר מכן, בשלב השני, קיבלו 20% ממשקי הבית שאלונים מורחבים ובהם שאלות בנושאים חברתיים וכלכליים. מפקד זה היה בין המפקדים הראשונים בעולם שנוצל גם להפצת שאלון מורחב למדגם של 20% מהאוכלוסייה.
